Mega, Ananda Putri and Pratomo, Arief and Febrianto, Try (2026) KEANEKARAGAMAN EUKARYOTA DI EKOSISTEM PADANG LAMUN DESA PENGUDANG, BINTAN DENGAN eDNA METABARKODING MARKA GEN 18S rRNA. S1 thesis, Universitas Maritim Raja Ali Haji.

	Text (Cover) Mega Ananda Putri_2202010008_Ilmu Kelautan_Cover.pdf - Published Version Download (417kB)
	Text (Abstrak) Mega Ananda Putri_2202010008_Ilmu Kelautan_Abstrak.pdf - Published Version Download (194kB)
	Text (BAB 1) Mega Ananda Putri_2202010008_Ilmu Kelautan_BAB 1.pdf - Published Version Download (246kB)
	Text (Daftar Pustaka) Mega Ananda Putri_2202010008_Ilmu Kelautan_Daftar Pustaka.pdf Download (230kB)
	Text (Full Teks) Mega Ananda Putri_2202010008_Ilmu Kelautan_Full Teks.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (3MB) | Request a copy

Abstract

Ekosistem padang lamun merupakan salah satu ekosistem pesisir dengan produktivitas tinggi yang berperan penting sebagai habitat, daerah asuhan, pemijahan, dan sumber pakan bagi berbagai organisme laut. Namun, identifikasi keanekaragaman biota menggunakan metode konvensional masih memiliki keterbatasan dalam mendeteksi organisme berukuran kecil, kriptik, maupun spesies dengan kelimpahan rendah. Penelitian ini bertujuan mengungkap dan mengidentifikasi keanekaragaman Eukaryota pada ekosistem padang lamun Desa Pengudang, Kabupaten Bintan, Kepulauan Riau menggunakan pendekatan environmental DNA (eDNA) metabarkoding dengan marka gen 18S rRNA. Penelitian dilaksanakan pada Juli 2025 di Desa Pengudang, sedangkan analisis laboratorium dilakukan di Laboratorium Oceanogen Bogor dan pengolahan data berlangsung pada Desember 2025 hingga Mei 2026. Sampel eDNA berupa air laut, sedimen, dan epifit pada daun lamun Enhalus acoroides dikumpulkan menggunakan metode purposive sampling, kemudian difiltrasi, diekstraksi, dan diamplifikasi menggunakan mesin Polymerase Chain Reaction (PCR), dan disekuensing dengan platform Illumina. Analisis bioinformatika dilakukan menggunakan QIIME2 dan DADA2 untuk menghasilkan Amplicon Sequence Variants (ASV) serta klasifikasi taksonomi menggunakan database PR2, kemudian dianalisis menggunakan indeks Shannon, Bray Curtis, dan Principal Coordinates Analysis (PCoA). Hasil penelitian menghasilkan 1.298 ASV yang teridentifikasi ke dalam lima kingdom Eukaryota dengan total 115 genera. Komposisi komunitas berbeda pada setiap habitat, yaitu air laut didominasi oleh Copepoda dan Dinophyceae, epifit daun lamun Ea didominasi diatom dan mikroalga, sedangkan sedimen didominasi Gastropoda, Annelida, dan Foraminifera. Nilai keanekaragaman Indeks Shannon tertinggi terdapat pada sedimen, sedangkan nilai disimilaritas Bray Curtis sebesar 0,98–0,99 dan visualisasi PCoA menunjukkan perbedaan komunitas yang jelas tipe sampel. Penelitian ini menunjukkan bahwa eDNA metabarkoding merupakan metode non-invasif yang efektif untuk mengungkap keanekaragaman Eukaryota serta karakteristik mikrohabitat pada ekosistem padang lamun secara komprehensif.

Actions (login required)

View Item